I biglietti Malpensa Express sono acquistabili online. Il servizio di ticketing è disponibile sia sul sito delle ferrovie LeNord sia su quello del Malpensa Express. Per l'acquisto non è necessaria la registrazione, ma è sufficiente compilare il 'form' inserendo nome e cognome, data di nascita, indirizzo email e dati della carta di credito. Il pagamento avviene attraverso il sistema Pagonline di UniCredit, che accetta carte di credito Mastercard e Visa. Per la tratta Milano Cadorna-Malpensa la tariffa è di 11 euro per gli adulti e 5,50 euro per i bambini fino ai 12 anni non compiuti; per il tragitto Milano Centrale-Malpensa Aeroporto, fino al 30 giugno il prezzo promozionale è invece di 7 euro per gli adulti. Sarà possibile acquistare un solo biglietto al giorno per singolo nominativo, con una prevendita fino al massimo di 2 ore antecedenti l'orario di partenza del treno.